马士基船公司主要航线贯通全球。
亚欧航线
AE11 航次停靠青岛、釜山、宁波、上海等多港，路线为青岛出发，经釜山、宁波等，至新加坡后转往瓦伦西亚等地，再经丹吉尔港、新加坡、盐田后回青岛；
AE12 航次从新港出发，途径大连、釜山等，经新加坡、塞得港等欧洲港口后，再经丹吉尔港、新加坡回新港；
AE15 航次则以釜山为起始，经上海、宁波等，在新加坡后转往塞得港等中东地区港口，再经阿布扎比等，最后经新加坡、蛇口回釜山。
亚洲 - 中东航线
海湾服务：自 2024 年 2 月 5 日起，挂靠塞拉莱、杰贝阿里等阿曼、阿联酋、卡塔尔、沙特阿拉伯的多座港口；
阿拉伯海服务：从 2024 年 2 月 9 日开始，挂靠塞拉莱、杰贝阿里以及巴基斯坦、印度的部分港口并返回塞拉莱；
红海 - 西地中海航线：于 2024 年 2 月 21 日起，挂靠埃及塞得港、沙特吉达港等，延伸至西班牙巴塞罗那、摩洛哥丹吉尔港等欧洲港口后再回塞得港；红地中海服务：自 2024 年 2 月 18 日起，主要挂靠吉达、塞得港、丹吉尔港并循环。
亚洲 - 非洲航线
从上海港、宁波港等中国港口出发前往西非的拉各斯、阿比让等主要港口。
跨大西洋航线
欧洲 - 北美航线：连接鹿特丹、汉堡等欧洲港口与纽约、诺福克等北美港口；
地中海 - 北美航线：从巴塞罗那、瓦伦西亚等地中海港口出发前往北美东岸和墨西哥湾沿岸港口。
国内及区域内航线
SH3 航线：从上海港出发，经厦门港、高雄港等，抵达孟加拉国吉大港，返程时在丹戎帕拉帕斯港可中转至欧洲；
2023 年 3 月 20 日开通的丹麦比隆 - 中国杭州定期航班航线。
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